Funkcję tę – wg Rzeczpospolitej – miałby objąć w Ministerstwie Cyfryzacji. Niedawno potwierdzono nam tę kandydaturę jako najbardziej prawdobodobną. Obecnie gen. bryg. Włodzimierz Nowak jest doradcą w gabinecie politycznym Anny Streżyńskiej, minister cyfryzacji, która w grudniu 2015 roku zapowiadała utworzenie takiego stanowiska. Departament Cyberbezpieczeństwa powstał już w strukturze Ministerstwa Cyfryzacji.
Do grudnia 2015 roku gen. bryg. Włodzimierz Nowak był szefem Departamentu Polityki Zbrojeniowej w Ministerstwie Obrony Narodowej. W latach 2010-2013 pracował w placówce NATO w Mons. Początkowo na stanowisku szefa zarządu (Director of Operation) w Dowództwie Agencji ds. Łączności i Informatyki NATO (NCSA), a po reformie struktur dowodzenia NATO, od 1 lipca 2012 roku jako zastępca dowódcy szefa sztabu Grupy Łączności NATO (NATO CIS Group).
Służbę wojskową rozpoczął w 1986 roku jako dowódca plutonu dowodzenia w Pomorskiej Brygadzie Wojsk Obrony Pogranicza. W latach 1991-1994 szef służb technicznych-zastępca dowódcy 33 batalionu łączności 12 Dywizji Zmechanizowanej.
W latach 1995-2006 służy w Sztabie Generalnym WP, przechodząc kolejne szczeble od specjalisty przez starszego specjalistę, szefa oddziału, zastępcę szefa Zarządu do szefa Zarządu Łączności i Informatyki w Generalnym Zarządzie Dowodzenia i Łączności – P6.
W latach 1998-2003 kierownik projektu zapewnienia łączności pomiędzy Polską i NATO na pierwszy dzień akcesji oraz przedstawiciel w Grupie Roboczej Narodowych Ekspertów Technicznych Telekomunikacji NATO.
Współtwórca systemu łączności i informatyki dla dowództwa Wielonarodowego Korpusu Północny-Wschód, na potrzeby ćwiczeń NATO pk. „Strong Resolve” oraz I, II, i III zmiany Wielonarodowej Dywizji Centrum-Południe w Iraku.
Od wrześniu 2006 roku szef Zespołu do sformowania Departamentu Informatyki. W listopadzoe 2006 r. mianowany na stopień generała brygady i wyznaczony na stanowisko zastępcy szefa Generalnego Zarządu Dowodzenia i Łączności – P6 SG WP. Przedstawiciel SZ RP w Radzie NATO ds. Konsultacji, Dowodzenia i Kierowania. W ramach reformy struktury organizacyjnej MON od stycznia 2007 r. pełnił funkcję Dyrektora Departamentu Informatyki i Telekomunikacji MON.
